Учні цієї школи глибоко вивчали біблійський текст. Також були заняття з філософії, теології та медицини. У школі ще навчали і правильному виразному читанню, каліграфічному правопису, логіці. Одним з вихователів школи був Єфрем Сирін. Вчення в нісібінській школі було 3-річним. Перший рік в школі були присвячений вивченню і заучуванню Псалтиря. Широко використовувалися праці Феодора Мопсуестійського. Нісібінська школа мала свій статут, він включав в себе певні правила для всіх (студентів, вчителів, професорів). Сам статут дуже дбайливо зберігався в стінах школи. Його читали перед кожним навчальним роком.
У навчальному році було 2 семестри, які були розділені канікулами. Під час канікул учні працювали, адже студенти, які прийшли на навчання не покидали свою роботу, а поєднували навчання з роботою. Серед учнів були торговці, землероби, садівники, також були і незаможні. Вони працювали на педагогічній ниві, давали уроки. В їхніх класах можна було навчати 3-х хлопчиків.
Всією школою керував учитель, який читав найголовніший предмет, а до нього відноситься екзегеза.
Вчителі підпорядковувалися ректору. З його дозволу викладач міг не прийти на заняття. Всі господарські проблеми вирішував помічник ректора — керуючий. Він повинен був стежити за порядком не лише в будівлі, а й за його межами. Керуючий відповідав за шкільне майно, студентську бібліотеку. У нього був помічник — ксенодарх, який відповідав за лазарет, хворих, їх лікування та харчування.
Керуючий інструктував нових студентів про правила поведінки. Після цього їх заводили в кімнати, де був старший, який відповідав за поведінку всіх, хто живе в ній. Одяг і зачіска була однаковою для всіх. Студентам заборонялося спілкування і харчування в світі під час навчання. За бійку в школі публічно карали до 3-х разів, а потім виключали зі школи і депортували з міста.
Іван Гудзенко