Освіту Бекман почав отримувати в місті Мідделбург. Потім перебрався в Ледда, де впритул зайнявся гуманітарними науками: літературою, богослов’я і філософією.
Після навчання Ісаак організував виготовлення свічок, самостійно заснувавши завод. Ведення комерційних справ виявилося не його стихією і в 1616 році Бекман продав свій бізнес. У 1618 року впритул зайнявся медициною. В цей же час він завів знайомство з Декартом. Вони спілкувалися і обмінювалися думками щодо різних наукових теорій .
До 1619ро ку Ісаак працював професором у місті Вірі. Саме в цей час він заглибився у вивчення робіт відомого вченого Філіпа Ван Ландсберга. З 1619 по 1620 рік Бекман працював на аналогічній посаді в Утрехті.
У 1620 році вчений одружився на Каталіні де Серф. У шлюбі у них народилося семеро дітей. Далі він протягом семи років займається викладацькою діяльність в Роттердамі. У цьому місті він засновує коледж технічних наук.
Всі результати своїх досліджень Бекман записував в окремий рукопис, який був опублікований його братом в 1644 році. Пізніше, в 1905 році, щоденник був перероблений. Наступні публікації були масово надруковані у 1939 — 1953 роках. Більш ніяких рукописних праць Бекманом зроблено не було.
Ісаак Бекман відкидав підхід Аристотеля до фізики. Він був одним з перших, хто відновив античне грецьке вчення про атом. Бекман вважав себе послідовником філософії Епікура. Ще в 1613 році він винайшов принцип інерції. У 1626 році вчений висунув припущення, що робота будь-якого насоса пов’язана з атмосферним тиском. Це йшло врозріз з навчаннями послідовників Аристотеля.
Бекман помер 19 травня 1637 року.
Іван Гудзенко
