При гетьмані Брюховецькому входив до нерегулярного війська, а пізніше призначається наказним чернігівським полковником. Приймає участь у перевороті проти Московії. З падінням Брюховецького та видаленням Дорошенка долучається до Многогрішного, присягнувши московському самодержцю на вірність. Підтримуючи промосковську орієнтацію, обирається як генеральний суддя.
У 1672 році у зв’язку зі зміщенням Многогрішного, згідно Конотопської ради обраний гетьманом Лівобережжя. У1674 році веде війну з Дорошенком за відвоювання Правобережжя. Подібні ж війни за Правобережну Україну тривають між ним турецьким й татарським військом. У 1677 році Юрій Хмельницький проголошується турками гетьманом Правобережжя. У цьому ж році Самойлович разом з воєводою Ромадоновським зробили так, щоб відбувся відступ турецьких військ.
У 1678 році турки здійснюють наступ на Чигирин. По відході зі своїми військами Саймойлович створив пожежу в Чигирині. На початку літа турки зазнають поразки від Самойловича. У 1679 році Самойлович робить чистку міст та сіл на Правобережній Україні, відселяючи на Слобожанщину невеличку частину населення. Депортація відбувалася силою «вогню та меча». Московському царству це було на руку. Крім того після заселення з Правобережжя на Лівобережжя, Москва не бажала віддавати полки на Слобожанщині, а тому відхилила пропозицію Самойловича.
У 1685 році до Москви за розпорядженням гетьмана прибуває Кочубей, в інструкції, котру тримав в руках чітко розписані підступні вчинки шляхти та бажання отримання земель, які мають бути відняті в Речі Посполитої із захистом православної церкви та її вірних під польським гнітом.
Самойлович мав на меті об’єднання Поділля, Волині, Підляшшя та інших територій до Москви. Проте Москва пішла іншим шляхом, примирившись з Річчю Посполитою, маючи об’єднатися з Оттоманською Портою, бажаючи повністю ліквідувати українську автономію. Тому московський уряд не прислухався до слів гетьмана, ведучи політичну гру. Самойлович знову ж таки відстоює свою позицію. Через жадібність та пихатість українці перестали шанувати Самойловича.
У війні з турецьким військом, Мазепа звинувачував Самойловича в ігноруванні головнокомандувача московських військ Голіцина, через це й траплялися невдачі розгорнених військових кампаній. У 1687 році у поході з Голіциним на Крим, на чолі п’ятдесяти тисячного війська отримує віддачу татарського війська. Заради того, щоб Голіцин не зміг добратися до Криму, татари запалили степ.
Голіцину не вдалося добратися до Криму, тому й відступив. Уся провина була звалена на Самойловича, ніби той винен у підпалі степу, змовившись з татарами. Із реабілітацією Голіцина, враховуючи ним об’єктивні обставини Самойлович позбавляється гетьманства. У 1687 році Самойловича відправляють у заслання в Орел, звідти в Тобольськ ( Сибір).
У 1690 році в місті Тобольську Іван Самойлович помирає. Таким чином, завдяки Москві закінчилася державно-політична та військова діяльність одного із гетьманів України.
Пегас
