Народився в селі Потелич, Нестерівського повіту у 1570 році. Після викладання і посади ректора у Львівській братській школі, переїздить до Вільна. Зустрічається з православним братством, очолює їхню школу. Зазнає переслідувань зі сторони світської та духовної влади через антикатолицьку і уніатську діяльність.
Восени спеціальною грамотою 1595 року, написаною київським митрополитом Михайлом Рогозою відлучений від церкви із забороною проповідування та непокірності духовній інституції. З 1596 року оголошений польським королем Сигізмундом ІІІ як державний злочинець і варти ув’язнення. Проте не зважаючи на усі перешкоди, Зизаній надалі займається проповідницькою діяльністю серед людей Свято-Троїцького монастиря. Чутки про чітку православну позицію дійшли до Вільно, де зібрані громадяни вирішили, що для обителі необхідний архімандрит, якого слід обрати, зупинилися на Стефані.
Осінь 1599 року – влада викриває діяльність Стефана Зизанія. З 1600 року – прийнявши чернечий постриг у місті Вільно, тікає у Валахію. Полемісту приписують наступні праці: «Катехізис», «Ізложеніє о вірі», «Казаніє св. Кирила Патріарха Єрусалимського о антихристі і знаках его з разширен науки проти єресей разних». Здебільшого у полемічних творах чітко видно орієнтацію на східне вчення і боротьбу за нього з католицизмом. Зизанієм викриваються погрішності духовенства: прагнення світського панування, розкішності, збагатитись, ігнорування духовного (відкидання Святого Письма і його фальсифікація, видавання власних вимог за Слово Боже).
Стефаном Зизанієм наголошуються важливі речі: відсутність у Христа будинку, землі, Його убогство, служіння бідним людям; слугами Христовим називаються ті, що з відсутністю маєтків опікуються іншими. Антихрист трактується в образі папи так і в дусі богоборчої відступності, присутньої як в папі та і його слугах. Помітний і влив протестантських ідей в поглядах Зизанія на католицьких священнослужителів. До того ж ідеї Зизанія набули свого поширення значно пізніше і вплинули на простий народ.
Ідеї Стефана Зизанія були настільки реформаційними: виконання функцій священнослужителя може здійснюватися будь-якою людиною, що вірить у Христову науку; земний глава Церкви не потрібний, оскільки є Христос і цього достатньо. Для нього важливими були свобода совісті, існування церкви з невтручанням держави, висунена Джордано Бруно ідея множинності світів.
Він виступає не проти філософії, а швидше «хитрості» католицизму та уніатства і зроблений ними наступ на православ’я.
Стефан Зизаній прожив всього лише п’ятдесят один рік, помер 1621 року в місті Яси (Молдовське князівство, Румунія).
Пегас
