Джон розпочинає свою творчу діяльність як письменник. Світову славу здобув через написаний у 1578 році роман «Евфуес: або Анатомія Розуму», а його продовження в 1580 – «Евфуес і Його Англія». Найбільшої популярності цей роман набув при королеві Єлизаветі та аристократичному середовищі. В написані роману автор застосовує високопарний стиль, в якому прослідковуються гра слів, альтерація із засобами мови та літературними прийомами, такими наприклад як порівняння, епітети, метафора.
Мова написання роману стала еталоном для тогочасного аристократичного суспільства, втім з пуританський зміст вважався неприйнятним для нього. Твір є своєрідним протестом проти аристократичної молодіжної етики, різних поїздок в «розбещену Італію» з метою закінчення освіти.
Авторству Джона Лілі приписують комедії: «Кампапса», «Сафо та Фаон», «Галатея», «Ендіміон», «Мідас», «Жінка на Місяці», «Матінка Бомбі. Він складає наступні п’єси: «Олександр Великий та Кампаспа», а також «Ендіміон» (відносяться до перехідного періоду англійської драми, які змогли еволюціонувати з інтерлюдій Хейвуда до драм Вільяма Шекспіра та Джонсона). Ним вперше використано ведення прозаїчного діалогу, який наближає до драми в житті.
В творчості Лілі зустрічається така тенденція. коли драмі надається внутрішня єдність узгодженості з усіма її частинами та еволюції центрального характеру. Застосовує в драмі досвід прийому паралельної дії, переважно комічної, де іншоступеневі персонажі змагаються в гостроті розуму. Даний прийом в подальшому перейняв Шекспір. Поступово втрачається і сама популярність Джона Лілі, на світову арену виходять видатні творчі персони, зокрема такі як Томас Кід, Крістофер Марло та Вільям Шекспір. Лілі потрапив у боргову яму, звернення до королеви Єлизавети немало жодної відповіді.
Перебуваючи в стані убогості, залишившись без матеріальної підтримки 27 листопада 1606 року у помирає Джон Лілі. Поховання відбулося у Свято-Варфоломіївській церкві міста Лондон.
Антип Береза