Народився зимою 1923 року в Акроні, штату Огайо (США). Батько Ярослава – словак, матір – сербка. Батько був у пасторському сані, а дід майбутнього богослова – єпископом Лютеранської Церкви Сполучених Штатів Америки. До рідних мов Ярослава Пелікана належали словацька та англійська. У дитячі роки Ярослав мав неабиякі здібності в лінгвістиці, а в юнацькі – опанував німецьку, сербську, російську, латинську, грецьку та давньоєврейську мову. Працював на друкарській машині.
Освіту отримав в лютеранській семінарії «Конкордія» в місті Сент-Луїс. Спочатку як пастор очолював Лютеранську церкву. З двадцяти двох річного віку здобуває наукову ступінь доктора філософії при Мічіганському університеті. Вивчає та викладає християнську теологію та патристику. Його авторству приписують понад тридцять книг з п’ятитомником «The Christian Tradition: A History of the Development of Doctrine» (датується 1971—1989 роками). З 1962-1996 років – професор з церковної історії в Єльському університеті.
Працює на посаді редактора релігійного відділу енциклопедії Брітаніка. З його ініціативи засновується Рада науковців Бібліотеки Конгресу. Згідно наказу американського президента Білла Клінтона призначений президентом комітету з культури та гуманітарних наук. Наприкінці восени 1998 року – відбувається перехід Пелікана з дружиною Сільвією з лютеранства в православну віру. Через лист оповістив Євангелічну-лютеранську церкву США про свій крок як логічне закінчення розвитку свідомості та духу та тривалого десятирічного процесу.
За свій вагомий внесок удостоївся багатьох нагород: з 1985 року – медаль Хескінса, вручена Американською академією медієвістики; 1997 року – Американським філософським товариством; з 2004 року – отримав премію Клюге у досягненнях в лощині гуманітарних наук, відправивши п’ятсот тисяч доларів Свято-Володимирівській духовній семінарії, яка мала деякі потреби. Досягає почесний ступенів у сорока двох університетах світу.
У вісімдесяти трьох річному віці, сімнадцять місяців боровся з важкою хворобою- раком легень, яку не зумів побороти.
Науковець, теолог Ярослав Пелікан помер навесні 2006 року і похований на міському кладовищі Хамдена, штату Коннектикут.
Пегас