Народився у християнській сім’ї 1490 року, в провінційному німецькому містечку Штольберг, розташованого майже поруч з Герцом. Батька було страчено за наказом графа, тому Томас залишився сиротою. Як кожна дитина прагнув пізнати Бога. Освіту здобув у Вітенберзькому університеті.
Ставши на священичий шлях повністю присвятив своє служіння Богу. Займається місіонерською роботою та проповідницькою діяльністю серед місцевих і сільських жителів Німечини. З 1520 року – Мюнцер зустрічається в Цвікау з людьми, які очікували настання Царства Божого тут на землі. Дивлячись на те як селяни та міщани ведуть боротьбу з францисканцями, а в особі зі всією католицькою церквою стає на бік Лютера. Реформація вважалася для Томаса інструментом завдяки якому повинна втілитись божественна справедливість у світі.
А для виконання волі Божої необхідне не лише відбирання церковних володінь, а справедливий його поділ між ремісниками та землеробами, — стверджував Мюнцер. З точки зору проповідника влада має належати тільки народу. Внаслідок вдосконалення народних мас та спільної власності буде побудоване «Царство Боже». Були помітні подорожі Мюнцера в Чехію, в якій виявили свій вплив на реформатора чешські таборити. У 1521 році в місті Прага у тримовному варіанті опубліковує «Маніфест» (використані чеська, латинська, німецька мова).
На відміну від Лютера першим зробив різкий виступ перед католицькою церквою, підтримуючи анабаптистів.
Проповідь реформатора поширювалася на землі Саксонії та Тюрингії, які охопила Селянська війна. Навесні 1525 року – в Мюльхаузені та Торингії очолює селянський рух, прочитавши раніш укладену програму «Статейний лист». Мюнцер почав втілювати свій план щодо конфіскації земель в одних і їх віддання убогим людям.
Створює таку собі невеличку комуну, дає розпорядження ученикам аби ті піднімали на боротьбу сільські та місцеві верстви населення. Задуми Мюнцера були миттєво зупинені Лютером. Усвідомлюючи до чого б це могло дійти, Лютер особисто вимагає страти. 15 травня 1525 року – в містечку Франкенхаузен Мюнцер потрапив у стиснуте кільце чотирьох союзних армій німецьких князів і був повністю розгромлений зі своїм загоном. Йому було влаштовано допити, навесні 1525 року – страчено (відрубали голову).
Пегас
