Народився близько 570 року до нашої ери. Походив з аристократичного роду Алкмеонідів. Батько Клісфена – Мегакл (голова Алкмеонідів), дід Клісфен по материнській лінії був сікіонським тираном, матір – Агаріста. Син Мегакла виступав противником тиранії, добиваючись мирного вирішення проблеми держави. Близько 556 року до нашої ери –Алкмеоніди заключили шлюбний договір з тираном Пісістратом. При висадці тирана Пісістрата в Аттиці 546 року до нашої ери відбувся різкий виступ проти нього. Проте протистояти навалі не вдалося, аттійців було вигнано. З 525 року до нашої ери – угода з правителем Гіппієм. Після цього Клісфена призначили на посаду архонта-епоніма (голова місцевих посадових осіб, які вибиралися в колегію).
З 514 року до нашої ери – із вигнанням Пісістратидів, Клісфен з родиною залишає Афіни. З 512 року до нашої ери – невдала спроба повернення Алкмеонідів до Афін з метою залучення спартанців до боротьби. З 510 року до нашої ери – з тиранією покінчено. В результаті програшу боротьби за владу Клісфена, посада архонта дісталася Ісагору. Ісагор вдався до жорстких мір, заручаючись підтримкою спартанського царя Клеомена.
Перед вигнанням оголошує нову політику – демократичні реформи проти Спарти. Обурений народ підтримав Клісфена, вигнавши Клеомена з Ісагором. З 597 року до нашої ери – проведення демократичних реформ за зразком Солона. Клісфен провів адміністративно-територіальну реформу.
Аттіку розділено на три округи. Адміністративною одиницею стають філи, кожна з яких утворена демами. Була (місцева рада) нараховувала чотириста, а той й п’ятсот осіб. Клісфен дбав про збереження старих родових та релігійних союзів.
Арістотелем стверджувалось, що Клісфенов введено остракізм (за рішенням народного зібранні відбувалося вигнання) як єдиний засіб відсторонення своїх суперників, в тому числі Гіппія, в тмі остракізм міг бути введений 488 року до нашої ери. Як бачимо, Клісфен добивається створення єдиної держави, яка б мала прогресивну конституцію та самостійний політичний курс. Це зуміло врятувати грецьку державу від Марафонської та Саламінської війни.
Клісфеназа за заслуги перед народом називали «батьком афінської демократії».
Нам невідома дата смерті державотворця. Деякі із дослідників роблять припущення, можливо Клісфен афінський помер після 506 року до нашої ери.
Пегас