У 325 році серед усіх учасників І Нікейського собору був присутній персидський єпископ, про нього не згадує ІІ Собор 381 року І Константинопольський. У 410 році рада Селевкії-Ктесіфона визнає Ісаака єпископом та католікосом міста, влада якого поширюється на церкви Сходу.
Внаслідок воєнних конфліктів, втягнена в них Церква Сходу почала запідозрюватися, але досить швидко зуміла дистанціюватися від Римської імперії. Поворотним моментом для Церкви Сходу стали теологічні дискусії на Ефеському соборі 431 року. Собором осуджено єретичне христологічне вчення Несторія, який так і не зумів надати титул Богородиці – Богоносиця, оскільки той вірив у дві окремі особистості, які присутні в Христі. Притулок біженцям після Ефеського собору надав сам сасанідський імператор. А в 484 році за наказом імператора був страчений проримський католікос Бабоваї.
Не зважаючи на розкол із Заходом, Церква Сходу розширювалася, велика заслуга в цьому належить місіонерській роботі. Прямим підтвердженням щодо поширення вчення є несторіанська стела, табличка часів династії Тан у китайському варіанті, де вказаний північний Ірак, північно-східна частина Сирії, південно-східна Туреччина, Центральна Азія, Китай, датується вона 781 роком нашої ери. Доповненням несторіан стали малабари-християни церкви Фоми з індійського узбережжя, чисельність адептів сягала десяти мільйонів. З ХІІІ по ХІV століття управління церквою належало Яхбаллахі ІІІ, завдяки якому вона поширилася на південний та центральний Ірак, схід Персії.
Кількість єпархій становила п’ятдесят чотири. В результаті бунту Яббаллахі було вбито мусульманським натовпом. У ХV столітті в результаті завоювань турецько-монгольського кочівника Тимура ассирійські єпископства та й зрештою сама столиця були спустошені та зруйновані. Несторіанську церкву обмежував регіон її походження, виняток становить лише християнська церква апостола Фоми, що утворилася в Індії.
Спричинений конфлікт XVІ століття вплинув на дві конкуруючі патріарші лінії, подібно ж розколу, який стався у другій половині 60-х років ХХ століття між ассирійською та стародавньою церквою Сходу. Практика передачі спадку патріархату від дядька до племінника виявилася несумісною. Так у 1552 році єпископи Аміда та Салмаса вибрали суперника – патріарха настоятеля монастиря Гормізд (патріаршої резиденції) Йоханнана Сулаку. Сулака по прибутті в Рим, обирався Святим Престолом, увійшовши в церковне спілкування, отримав хіротонію і став патріархом.
Носив титул «Патріарх Мосула та Східної Сирії». Патріарх Шимун VІІІ Сулака до своєї страти зумів здійснити хіротонію двох митрополитів і ще трьох єпископів, даючи поштовх новій ієрархії. Наслідникам нічого не залишалося окрім вступу в союз з католицькою церквою.
У XVІІ столітті Шимуном ХІІІ Дінхою розриваються відносини з католицькою церквою, приймається нове сповідування віри, відтоді затвердилася офіційна назва «Ассирійська Церква Сходу». Йосиф І за станом свого здоров’я оселився в Римі. Його наступник – Йосиф ІV подаючи у відставку 1780 року після прийняття через рік передає патріарше управління племіннику, який не мав сану єпископа . Рим довго не міг зробити вибір між конкурентами на халдейську церкву. За турецьким указом в Амід-Мардіні призначили патріархом Йосифа І, в поселенні Мосул східні сирійці вже прийняли католицизм. У XVІІІ столітті до Папи надходили листи від патріарха Іллі ХІІ, які стосувалися унії з Святим Престолом Риму.
Наступник Іллі ХІІ – Ішоябб сповідував католицизм, об’єднавшись з Римом. Після смерті Іллі ХІІ був визнаний митрополитами як наступник попереднього, і носив ім’я Ілля ХІІІ. Проте зробив мужній крок, назавжди відмовившись від католицизму, прийнявши несторіанство. Історія демонструє церковну боротьбу між племінником патріарха Йосифа ІV та Йохананном, перемога виявилася на боці останнього. Хоч патріарху Йохананну довелося йти в Мосул, не займаючи столичного престолу, який не може бути переданий супернику патріарха.
У ХІХ столітті племінник Йосифа ІV удостоївся тільки бути призначеним митрополитом Амідський, патріархом не став. Його знали як Джозефа V, котрий відійшов з цього світу 1828 року як і всі суперники Йоханнана, що призвело до зменшення чисельності адептів попередників. Таким чином припинилася лінія патріархів Алкоша та Елії (Іллі). З 1830 року Святий Престол визнає Йоханнана як патріарха сама Халдейської католицької церкви. Патріархальне приємство ніколи не переривалося у цій церкві. Підозрюючи жителів поселення як єзидів, які нібито несли відповідальність за скоєний злочин: вбивство вождя курдів, курди увірвалися з Сорану до монастиря Раббан Хормізд та Алькошу, вбивши триста віруючих із засновником монастиря Габрієлем Дамбо та іншими ченцями.
Мало місце зіткнення патріарха халдейської церкви Йосифа VІ з папою Пієм ІХ через намагання поширення халдейської юрисдикції на католиків малабарської церкви. У 1915 році в результаті воєнних дій турків та їх союзників, зокрема курдів та арабів задля підтримки озброєної підтримки Росії, яка доволі себе вільно почувала на Кочанському патріархаті, загунули халдейські єпархії в Аміді, Сіірті, Газарті, було вбито митрополита Аддаю Шера та газартського Філіппа Авраама. У 2007 році після закінчення Папського університету святого Фоми Аквінського, Ангелікуму в Римі 2003 року, був вбитий ліцензіат – пастор халдеської церкви Святого Духа Рагід Ганні та ще кілька іподияконів Басман Юсеф Дауд, Вахід Ханна Ішо, Гассан Ісам Бідавед по закінченні меси в Мосулі. Католицька церква визнала його Слугою Бога. У лютому 2008 році халдейський архієпископ Паулос Фарадж з товаришами були викрадені в поселенні Мосул і жорстоко вбиті.
У світі нараховують двадцять одну халдейську діаспору. В місті Детройт побудований храм з громадським центром. Халдейську діаспору можна зустріти в штаті Мічіган, Іллінойс, Каліфорнія. З 2006 року в єпархії Океанії, де визнаний титул «Святий Фома, апостол Сіднейських халдейських» функціонують юрисдикції католицьких спільнот на материках: Австралія та Нова Зеландія. Першим за дорученням папи Бенедикта XVІ (Ратцінгера) обрано архієпископа Джібраїла Кассаба. У 2008 році Баваї Соро, Ассирійська церква та тисяча сімей ассирійців були прийняті в халдейську католицьку церкву. Знаковою подією для неї стало возведення папою Бенедиктом XVІ у 2011 році халдейської єпархії в Торонто (Канада), Онтаріо.
Нову єпархію назвалли халдейською єпархіїєю Мар Аддаї. Канада нараховує понад тридцять вісім тисяч вірних халдейської католицької церкви. Главою церкви призначили архієпископа Зору, що відзначився своєю місіонерською, євангелізаційною, соціальною, богословською і душпастирською роботою серед іракського населення до моменту свого переведення в Іран. У 2006 році згідно перепису Австралії чисельність віруючих халдейської католицької церкви складала чотири тисячі чотириста дев’яносто вісім людей.
Пегас
