Свого поширення набуває інквізиції і на території Америки, котру ще називали «Новим Світом» після її відкриття іспанським мореплавцем Христофором Колумбом. З 10 квітня 1521 року Левом Х (булла «Аліас фелісес») та 10 травня 1522 (булла «Експоні нобіс») Андріаном чернецьким орденам були надані офіційні інквізиторські права: притягування до відповідальності осіб, суд, покарання за звинуваченням. У зв’язку з смертю інквізитора-домініканця Педро де Кордоби з 1525 року управління перейшло в руки іншого домініканця – Томаса Ортіса, від нього 1526 -до Домінго де Бетансоса, 1528 – Вісенте де Санта-Марії.
З 1532 – інквізитором призначають єпископа Хуана Сумаррагу, а з 1535 року – як апостольського інквізитора. Колоніальна інквізиція періоду конкістадорів триває включно до 1569 року. Коли об’єдналася Португалія та Іспанія, то з 1580 по 1640 років їм був відкритий прямий шлях до американських колоній. Під виглядом таких собі португальців-християн перекочували юдеї. З 1639 року Перу нараховувало 2000 осіб. Вони піддавалися сильному ризику та викриттю інквізицією. Що ж чекали на цих людей? Мученицькі тортури, побиття батогами, каторгою, позбавлення матеріальної власності.
Інквізиція не проявляла жалю до причетних лютеранських симпатій, здійснювалися арешти, тортури, могли провести життя на каторзі. Без жодного співчуття чинили розправу над англійцями, піратами, контрабандистами, тощо. З 1569 року – вчинення інквізиції над симпатиками протестантизму (19 осіб). В автодафе страчений був фламандієць Хуан Міллєр. Переслідувалися прихильники гуманізмом. Взялися переслідувати богохульників, таких, що вдруге одружені, займаються магією, окультизмом, чарівництвом, читанням книг, котрі заборонила церква. Інквізиторська праця оплачувалася різними фондами, котрі вдалося конфіскувати в злочинців.
Так наприклад іспанська інквізиція дісталася до червоношкірих індіанців, зокрема Маркоса (жертва інквізиції), а за ним – Франсіско Мартіна де Валенсію (страчений за ідолопоклонство). Індіанців заставляли зректися поклоніння небесним світилам, предметам, здійснювати жертвоприношення та давати обітниці божествам, тобто існувала заборона, дозволено тільки сповідування католицької віри. Індіанці, які наважувалися йти всупереч постановленому – ставали перед судом інквізиції. Якщо здійснили це перший раз –отримують сто ударів батогом і їх стрижуть наголо, другий раз – чекає суворе покарання «аутодафе». Керівником усього процесу виступав Антоніо де Мендоса, котрий мав королівські уповноваження.
Оскільки інквізиція приймала звірський характер з метою грабіжництва, єпископи виявляли невдоволення такими діями відповідних осіб, оскільки це стало перевищенням судових повноважень. Слід зазначити про діяльність інквізиції у колоніальних іспанських володіннях Америки, що тривала виключно до ХІХ століття. А тому рішенням кадісських кортесів 1813 року трибунал інквізиції заборонили як в Іспанії так і колоніальних межах.
Проте триумфували кортеси, після того як 1814 року королем Фердінандом VІІ їхня конституція була скасована, трибунал відновлено з метою переслідування тих, які стали ненависними ворогами монарха (маються на увазі коретеси). І лише із відвоюванням незалежності з інквізицією було покінчено раз і назавжди.
Пегас