Народився у 345 році нашої ери в Іворі Понтійській (сьогодні північна частина Туреччини). Батьком займав титул хорєпископа в провінції Константинополя, не виняток, що у нього були налагоджені дружні зв’язки з сім’єю видатного майбутнього богослова Василія Великого, мав маєток в Аннісі. Існують припущення, що перша зустріч Євагрія з Василієм Великим, Григорієм Богословом відбулася у 357-358 році нашої ери в невеликому поселенні Анніса. Можливо у ньому через них виявилася повага до Орігена та літературної спадщини останнього.
У 370-х роках каппадокійський архієпископ Василій приймає Евагрія ставить чтецем, приєднує до кліру. Богословську освіту здобув у святителя Василія Великого. В місті Кесарії крім богословської науки здобував світські дисципліни. У 379 році переживає смерть Василія Великого, ще більшою зацікавленістю взявся за вивчення божественних догматів та любомудрія.
Знаходячись у духовних пошуках, в се ж таки приходить до Григорія Богослова, котрим очолювалася невелика група християн – прихильників Нікейського «Символу віри» у домовій церкві святої мучениці Анастасії. Завдяки Григорію Богослову, Евагрія Понтійського було хіротонізовано в диякони, навчено філософським та богословським наукам.
У 380-381 роках обоє приймають участь у серйозній полеміці з аріанством, підготовлюючись до ІІ Вселенського собору. Налагоджуються дружні відносини між Григорієм та Евагрієм. У зв’язку із залишенням Григорієм константинопольської кафедри і повернення до Назіанзу, місце кафедри зайняв єпископ Нектарій. Нектарієм були високо оцінені можливості богословської полеміки Евагрія. Як стверджував єпископ Палладій, Евагрій мав неабиякий молодий запал, виступаючи проти єретичних наук.
До того ж він відчував велику пристрасть до дружини чиновника, та також відповідала взаємністю йому. Явлення ввечері ангела Евагрію не було випадковим, адже вісник Божий сказав покаятися диякону на Євангелії і зрештою залишити Константинополь, щоб потурбуватися про спасіння душі. Цей сон неабияк насторожив Евагрія, зрозумів, що прийшов час для виконання клятви, а тому відправляється на корабель, котрий тримає курс до міста Єрусалим.
У 382 році в Єрусалимі зустрічається з двома подвижниками християнства: Меланією Римлянкою та Руфіном Аквілейським – засновниками двох віддалених один від одного монастирів на Єлеонській горі – чоловічого та жіночого. Розпочати аскетичний шлях Евагрію було ще зарано, він боровся з сумнівами, не розповідаючи про те, що дійсно коїлося в Константинополі. Через ораторське марнославство страждав хворобою лихоманки на протязі шести місяців, лікарі нічим не могли допомогти йому, крім преподобної Меланії.
Змусивши зізнатися Евагрія в скоєному в Константинополі, обіцяла не припиняти молитися за його швидке одужання, а також щоби той пообіцяв назавжди розірвати зв’язки з мирським світом з прийняттям чернецтва. Обітниця Евагрія була дотримана. Евагрій по своєму одужанні прибув до Меланії з Руфіном і з їхніх рук отримав чернечу одежу.
Відправляється в Єгипет, щоби отримати досвід отців, які живуть у пустельному місці. Листується з Меланією, Руфіном, насельником Анатолієм. У 383 році живе в Нітрійській пустелі, пройшов двохрічну підготовку школи кіновійного життя, усамітнюється в пустелі Келлія, приєднуючись до інших анахоретів. З ними провів чотирнадцять років спільного чернечого життя. Як стверджують історики, Евагрію довелося пройти сувору школу, очолену Макарієм Олександрійським та Макарієм Великим (Єгипетським). Евагрій багато досвіду переймає з життя пустельників, особливо Макарія Єгипетського – основоположника чернечої спільноти в Скиті, пустелі, розташованої від Нітрії на відстані п’ятдесяти восьми кілометрів. Макарій Єгипетський був відомий духовною опікою братії в Келлії, куди входив Евагрій Понтійський, тоді ж як Макарій Олександрійський, в сані священика здійснював керівництво Келлією, котрому підпорядковувався Евагрій.
Ченці притримувалися відповідного уставу життя, мали право тимчасово залишати келію за згодою настоятеля. Евагрію випадала нагода зустрічі з преподобним Макарієм Єгипетським та братії пустелі Скит, у Фіваїді – з Іоанном Лікопольським, на острові поруч з Мареотійським озером – Дідімом Сліпцем. Історія єгипетських ченців є прямим підтвердженням візиту Евагрія в Олександрію і полеміку з еллінськими філософами. Евагрій набирається досвіду, призначається духовним наставником, удостоюється надзвичайних Божих дарів, таких як мудрість, прозорливість, чудотворення, розрізнення помислів та духів.
Евагрій зустрівся з учнями ави Памви – Аммонієм, Євфимієм, Діоскором, Євсевієм, з ними створив гурток ченців-орігеністів. Інтерес до цього гуртка виявив Палладій, Іраклід Кіпрський. Щосуботи та неділі відбувалися зібрання гуртка, на якому братія могла відкрити Евагрію помисли, почути духовні настанови, отримати задоволення від спілкування з духовним наставником. Щоденно ним приймалося не більше шести, п’яти відвідувачів для отримання мудрих настанов. Найчастіше отримував різні дари від паломників та віддавав їх ченцеві-келійнику, відповідальному по господарству.
Евагрій переписував рукописи, отримуючи з цього прогодування. Дотримувався суворого аскетичного життя. Як стверджує Руфін, Евагрій залишався надзвичайно стриманою людиною. Проводив час у пості та молитві, стримував себе від споживання овочів та фруктів, води, три ночі спав, іншу частину часу присвячував молитві, яку читав прогулюючись по подвір’ї, те ж саме робив вдень, вивчаючи Священне Писання.
Згідно свідчень єпископа Паладія, ава Евагрій міг здійснити за день сто молитов, дотримуючись аскези цілу зимову ніч зумів простояти роздягненим в колодязі або ж влітку сорок днів не заходити в помешкання, кожному наставник залишав свободу вибору, нікого не заставляв, був суворим сам до себе, а м’яким до інших. Про його аскетичні подвиги і неабиякий дар духовних дарувань дізналися олександрійські єпископи – Тимофій І та Феофіл, бажали притягти Евагрія займатися церковною діяльністю.
Коли Феофіл Олександрійський бажав здійснити хіротонію в сан єпископа, останній ухилився, повертаючись в Палестину до преподобної Меланії та Руфіна. Після свого повернення надсилає Феофілу лист, в якому детально пояснює чому так вчинив з ним. В Евагрія знаходився час для написання творів. Нітрія та Скит були добре ознайомлені з аскетичною творчістю Евагрія, а допомогли йому у цьому єрусалимські друзі і скрипторій Єлеонської гори. Деякі твори швидко поширилися у християнському світі. Низку було переведено Руфіном на доступну для християнського заходу латинську мову.
Аскетична діяльність різко позначилася на здорови Евагрія Понтійського. Через сечокам’яну та шлункову хворобу послабив суворий піст. У день Богоявлення Господнього прийняв Святе Причастя. Ще до переслідування ченців-орігеністів Нітріської та Келлійської пустелі єпископом Феофілом у 399 році помирає.
Вірменська церква вшановує його пам’ять 11 лютого, коптська – у пяту неділю Великого посту.
Пегас