Сімя Губмаєра не була багатою, в ній отримав християнське виховання. З 1503 року вступає на навчання до престижного на той час Фрайбургзького університету.
Потяг до науки і неабиякі здібності в молодому юнакові побачив вчитель – Йоганнес Екка. Між Губмаєром та Еккою зав’язувалася міцна дружба. Він поїхав разом з вчителем в Інгольштадтський університет. У ньому успішно захищає докторську дисертацію, В 1512 році здобуває ступінь доктора теології. З 1513 року – займає посаду проректора вищого навчального закладу. З 1516 року – інші причини змусили доктора Губмаєра залишити свою посаду (підтримали обрання Губмаєра священиком кафедрального собору міста Регенсбург).
Ним підтримується «хрестовий похід» по вигнанню юдеїв з міста. У 1519 році усі євреї були вигнані, синагоги знищені. Коли руйнували синагогу, то один із будівельних майстрів потрапив під балку, усі думали, що він вже помер, але ввечері залишився живим. Сам факт оцінили як чудо, яке вчинила Свята Діва Марія, яка сприяла руйнувати синагогу. Натомість замість синагоги постала капличка, освячена на честь Діви Марії.
У 1521 році Губмаєр особову увагу привернули твори Мартіна Лютера та інша реформаторська література. В 1522 році Губмаєр у місті Базель зустрічається з Еразмом Ротердамським. У 1523 році переходить в реформаторство.
Губмаєром влаштовується політико-релігійна система Вальдсхута на підтримку швейцарському реформатору Ульріху Цвінглі. У1524 році результатом селянської війни Німеччини стає об’єднання з міськими жителями та міською радою Вальдсхута у боротьбі з феодалами. Більшість із міщан увійшли до числа реформованої церкви.
У разі спротиву міщан та наступу єпископа Костанца і австрійської влади атаку було відбито. Околиці міста стали місцем розміщення армії селян – реформаторів з міста Штюпінген, чисельність яких сягала п’ятсот п’ятдесяти осіб для того, щоб охороняти місто від ворога. В Шаффхаузен з метою подальшої реформаторської діяльності прибув Губмаєр.
В 1626 році Губмаєр переходить в анабаптизм. Після того як вюртембергський герцог зазнав поразки в Правії від австрійських військ, з розгромом загонів селян – реформаторів, Губмаєр змушений був тікати до Моравії.
У 1527 році Губмаєра заарештовано австрійською владою. Навесні 1528 року відбулася публічна страта у місті Відень на вогнищі. Перед смертю дружина Губмаєра, дивлячись на страту свого чоловіку закликала його бути твердим у своїх релігійних переконаннях і не здаватися. Пізніше і її саму через три дні схоплять і втоплять у Дунаї.
Губмаєр залишався відданим реформаторським ідеям. У його вченні чітко видно заперечення хрещення як небіблійської практики. Подаються теологічне обґрунтування, він більше опирався на біблійні тексти та отців Церкви, доводячи хрещення людини у свідомому віці. Можна також побачити як теолог посилається на західного отця Тертуліана.
Губмаєр виділяє хрещення у трьох видах: з допомогою Святого Духа; водою, кров’ю. Перше – відбувається тоді, коли людина усвідомлює свою гріховність та те, що їй потрібен Бог. Хрещення проходить через покаяння та внутрішнє переміщення людини. Друге – зовнішній символ, коли духовно перетворюється людина, церква та світ, де індивід – істинний послідовник Христа. Відбувається з відпущенням гріхів у свідомому віці, тобто з прийняттям сповідання віри.
Третє – боротьба з спокусами людини, котру назвав «умертвлінням плоті». Губмаєром відкидається і сам термін «анабаптисти», оскільки із хрещенням свідомим не має бути перехрещувань, а хрещення дитини є тільки омовінням. Господню Вечерю Гумбаєр називає спомином страждань Христових, бо вона – символ єдності християнської любові та поєднання з самим Христом. Саме тому основними таїнствами Церкви, переданих Ісусом Христом є Хрещення з Причастям.
В антропологічних ідеях теолога можна помітити елементи неоплатоністичної філософії. Наприклад, людина – це складова духу, душі та тіла, які на його думку відображають Божественну Трійцю. Губмаєр був противником пацифізму, вважаючи відстоювання християнами своїх поглядів зі зброєю можливе у випадку необхідності.
Через нього відбулася асиміляція революційних ідей Томаса Мюнцера з анабаптистами, радикально-цвінгліанським принципом політичної самостійності спільнот.
Пегас