Освіту отримав у Несвіжській, Віленській кальвіністській школі. З 1590 року у Празькому університеті діяв єзуїтський орден, який вплинув на студента Рутського і той в 1592 році прийняв латинський обряд римо-католицької церкви, і перед єзуїтським ректором Крістенсом прийняв католицьке віросповідання. Ще раніше помер його батько, а матір Богумила довідавшись, що її син став католиком, оскільки сама кальвіністка, вирішила позбавити його матеріальної підтримки. За порадою прокуратора литовсько-польської католицької провінції отця Бокси відправляється до Грецької Колегії в Рим на навчання з метою отримання богословської безкоштовної освіти.
З 1592 по 1596 роки займався студіюванням філософії в місті Вюрцбург, а після закінчення Грецької Колегії святого Анастасія міста Рим – отримує богословську освіту. Папа Климент VIII виявляє волю щодо переходу Рутського, з особистим прийняттям візантійського обряду. Розпочинає виховну духовну роботу юнаків у Вільні.
Веде диспути з тими, які не мають сповідання католицької віри. У 1602 році після смерті ректора семінарії у Вільно Петра Федоровича, за настійливістю єпископа Бенедикта призначається митрополитом Іпатієм Потієм на його місце. З 1605-1606 років – Рутський та папський легат Павло Симеон здійснюють візит до московського царевича Дмитра Самозванця. Звернувся до нього з особистим проханням, щоби московські юнаки навчалися у Великому князівстві Литовському, потім разом відправляються в Персію, де зазнають невдачі. Відправляється в Рим з особливою місією до папи Павла V, щоб вручити йому програму церковної унійності.
З осені 1607 року над Рутським у Свято-Троїцькому монастирі міста Вільна зимою 1608 року звершують чернечий постриг. При постригу отримує ім’я Йосиф. Возведений митрополитом Іпатієм в сан диякона, пізніше – пресвітера. Також відбулася зустріч з Йосафатом Кунцевичем, за фінансової підтримки якого проходить будівництво монастиря, відновлюється чернеча дисципліна та виховання. З 1609 – 1611 років – за заслуги перед церквою возведений в сан архімандрита, призначений Потієм настоятелем Свято-Троїцького монастиря. Влітку 1612 року – досягнув титулу галицького єпископа. На єпископа Рутського здійснювався замах зі сторони православного міщанина Вільно Максима Шембеля, але все обійшлося добре.
Велика заслуга Рутського полягає у тому, що єпископ зумів залучити Вознесенський монастир міста Мінська весною 1613 року завдяки королю Сигізмунду ІІІ Вазі. То й же самий король в офіційному документі призначає Рутського київським митрополитом Київським, Галицьким і всієї Руси, з правом отримання матеріальної власності та земель, які були власностями Михайла Рогози та Іпатія Потія, маєтності Новогрудки та Прилепич.
Папською булою від 1614 року обирається на митрополичу кафедру. У 1615 році відвідав Рим, удостоєний папою Павлом V стипендії для ченців Грецької Колегії і тих, що навчаються в семінаріях, зокрема в Браунсбурзі, Празі та інших. З 1615 року із допомогою папської енцикліки « Piis et eleratis» уніатській школі так само як єзуїтській було надано спільне право. Рутським були організовані школи, одні мали нижчий ступінь, інші – теологічний.
Для відтягнення молоді від полонізації зрівнює уніатські з єзуїтськими школами. Заслуги Рутського в реорганізації освіти, церкви (сприяння випускникам богословської школи у їхньому подальшому навчанні при папській колегії, автономність монастирів та контроль єдиною Конгерегацією Святої Трійці митрополитом Йосифом Рутським ). Важливе значення для розвитку монастирів мала меценатська підтримка монастирів Жировичів та Битеня, на що погодилися шляхтич, маршалок Григорій Тризна та каштелян Ян Мелешко, останній перейшов на унію, став хорошим пропагандистом.
Чернецтво стає потужною силою уніатської церкви, що чітко видно через добре централізований і об’єднаний Василіянський чин. З 1616 -1617 років – розпочався процес реорганізації чернецтва (монастирі київської митрополії обєднувалися в єдину структуру – Чин Святого Василія Великого). У 1626 році –за офіційним погодженням короля та Кобринського синоду засновується Мінська духовна семінарія. Спроби представлення кандидатури в Жидичинський монастир з виступами перед королем, сеймом, нунціями виявилися марними, оскільки Святий Престол заборонив самодіяльність, особливо перетягання на латинський обряд чи перехід без папського дозволу.
Налагоджує відносини з православними, зокрема Мелетієм Смотрицьким, митрополитом Петром Могилою, маючи на меті створити київський патріархат. У 1629 році під час звершення богослужіння у Львівській латинській кафедрі, до того ж проповіді королівського Матеуша Бембуса в присутності Мелетія Смотрицького православна вірменська і руська громада були настільки засмучені, що дійшли до прокльонів. Намагається з допомогою брацлавського воєводи Олександра Заславського перетягнути в унію Мелетія Смотрицького і особисто про це звертається до папи в листі.
Листом, датованим січнем 1629 року підтверджує папі, що Смотрицький має щирі наміри переходу в унійну церкву. З 1632 року – електор воєводства Новогрудки при королеві Владиславу IV Вазі. Помирає 1637 року в Дерманському монастирі, а похований у місті Вільно. Після захоплення Вільно у 1655 році московськими військами, домовина Рутського було вивезена у невідомому напрямку. У 1937 році – митрополит Андрей Шептицький розпочав справу беатифікакії (канонізації) Рутського.
Пегас
