Макс Мюллер є одним з засновників та найвидатніших представників натуралістичної або міфологічної школи походження релыгії. Діячі цього напрямку стверджували, що образи древніх міфів — лише персоніфіковані явища природи, часто катастрофічні, такі як землетруси, урагани, виверження вулканів, що були вражаючими для древніх людей, що впливали на їх уяву, а також небесні тіла — сонце, місяць і зорі — свідотства древнього астрально-міфологічного світогляду.
За Максом Мюллером, релігія древніх була по суті натурфілософією (перші справжні натурфілософи — Мілетська школа), а міфологія — джерело релігії. Найулюбленішим способом трактування міфологія стала інтерпритація імен Богів і їх уособлень — наприклад, санск. Варуна і грецький Уранос, санскр. Дьяус і грецький Зевс; на цій основі була висунута думка про існування єиного, вищого небесного Бога древніх індоєвропейців. Походження міфологічних образів Макс Мюллер приписував «хворобі мови«, наповненню поетичних образів релігійним змістом.
Древні люди антропоморфізуваи природу. Наприклад, щоб повідомити про настання ночі вони говорили: «Сонце йде спати«. Такі вислови були «міфо-поетичними«, але розумілись буквально, і пізні покоління перетворили сонце в живу істоту, міфічний образ. Віра в Божество, за словами Макса Мюллера, почалась не з монотеізму чи політеізму, а з генотеізму чи катенотеізму (обидва терміни запропоновані Максом Мюллером) — такої форми релігії, коли люди, визнававши й інших Богів, поклонялись одному з них, часто розглядаючи його як представника всіх інших.
В цілому концепція Макса Мюллера має достатньо спекулятивний характер. Поняття генотеізму, щоправда, виявилось продуктивним і ввійшло в науку, але це явище притаманне лише деяким розвинутим релігіям, таким як єгипетська та древнєєврейська (в її ранній фазі). Не дивлячись на суперечливість його теорій і методів, наприклад, зведення міфологічних образів до при родних явищ, утотожнення міфології та релігії, сучасні історики вбачають в Максі Мюллері «одного із засновників, без якого сучасне порівняльне релігієзжнавство не могло б існувати«. Ідеї міфологічної школи, недивлячись на крайнощі, близькі до суучасних уявлень про міфологічний світогляд, як світогляд синкретичний. І в наш час деякі методи міфологічної школи Макса Мюллера — наприклад досліди реконструкції древніх міфологічних систем за допомогою вивчення їх сліду в мові та міфах, — зберігають своє значення.