Оскільки батько мав козачу вдачу, то відповідно по такій же ж лінії направляв свого сина Михайла. Михайло Ханенко отримує виховання на Запорізькій Січі. Добре освоїв військову справу. Так поступово розвивається кар’єра майбутнього полководця і гетьмана Ханенка. Ханенко приймає участь в Уманському полку як складової Запорізького війська, бойові походи якого датуються 1648-1657 роками.
Ханенко мав великий привілей – очолив Уманський полк. У 1659 році уманський полковник Ханенко входив до Козацької ради, був безпосереднім свідком обрання Юрія Хмельницького в гетьмани. Піддає критиці полковника Безпалого за його московські загравання у листі, в якому було поставлено кілька підписів, зокрема Богуна, Дорошенка, Носача, Цицюри, Лизогуба, Гоголя. Але як виявиться пізніше кожен із них буде по різні барикади у розв’язаній війні між гетьманом Виговським та полтавським полковником Пушкарем.
Восени 1659 року Ханенко та козацька старшина підтримують «Переяславські статті» (договір заключений між двома сторонами – гетьманом Богданом Хмельницьким та московським царем Олексієм), котрі насправді обмежували права гетьманської влади. У 1660 року Ханенко призначається Юрієм Хмельницьким з титулом «наказний гетьман», на якого поклав соновне завдання – оборона південно-східних кордонів України від військ Речі Посполитої. Маючи неабиякі військові навички та вміння, Ханенко завдає потужного удару коронному гетьману Стефану Потоцькому та його війську, останні змушені були відступити після облоги, втративши кілька десятків тисяч.
Ханенко розробляє військову тактику: вважає найкращим відступ козацьких військ на Запорізьку Січ зимою, найвигідніше проведення військової операції весною, адже це дасть можливість виходу до східного кордону поруч з Річчю Посполитою. У 1660 році Ханенко вирушає в Чуднівський похід, результатом якого стало спільне підписання документу «Слободищенський трактат» між Україно та Річчю Посполитою. Десять пунктів документу були автентичними з Гадяцьким договором (у 1658 році). Через це підписання Ханенко сприймався ворогом московського царя. До того ж послом Сухотіним цареві донесено про зраду Правобережжя та Юрія Хмельницького.
У 1663 році втрачається територіальна цілісність держави, правлячі кола спричинили розкол. При гетьмані Павлі Тетері Ханенко так і залишається при титулі наказного гетьмана. Полк Ханенка допомагав зведенні переправи через річку Дніпро, щоб перейти на лівобережну частину і приєднатися до армії Яна Казиміра та Тетері. У 1665 році гетьман Дорошенко притримується курсу політики гетьмана Богдана Хмельницького щодо утвердження Гетьманату. Козацтво Запорізької Січі не схвалило думку Дорошенка з його політичною програмою.
У 1668 році запорожці обирають за гетьмана Петра Суховія. Суховій у свою чергу заручається підтримкою Кримського ханства для того, щоб скинути на Правобережжі гетьмана. Намір підтримано Ханенком у Корсунській Генеральній раді в 1669 році. Проте Дорошенко не бажав упускати свій шанс завоювання Правобережжя, просячи турецького султана надати військо. В результаті постало троє гетьманів: Петро Дорошенко, Демян Многогрішний, Михайло Ханенко.
В українській державі міцно з’єднаний економічний, політичний, етнічний, релігійний фактор. Після обрання Ханенка новим гетьманом, полки Дорошенка розв’язали криваву війну, в якій загинула велика кількість українців. Ханенко відмовляє Многогрішний, тоді очоливши військо з сином Хмельницького – Юрієм та Суховієм вирушає в похід проти Дорошенка. При наближенні військ до Стеблева Дорошенко зачинився у місті, котре вдалося штурмувати гетьману Ханоненку. Але ситуація критично змінилася із підмогою, що поспішила на поміч Дорошенку. Ханенко до останнього оборонявся з десятьма тисячами війська, але не зумів зупинити навалу. У 1669 році Дорошенко перемагає Ханенка.
Ханенку вдалося втекти з невеликою частиною війська. Після повернення на Січ обраний кошовим отаманом. Насамперед, козаки із Січі були злими на Дорошка, який братався з їхнім ворогом – турецьким султаном. Через те січовики зробили вибір на користь того, хто дійсно боронив віру, батьківщину та козацьку вільність – Михайло Ханенко. Підтримував добрі стосунки з кримським ханом. У Варшаві татарським послом Дорошенко був названий зрадником, а тому підтримував уряд іншого гетьмана – Ханенка. Папським нунцієм Марескоті було донесено папі римському Клименту Х, що Дорошенку – це підданий ворога християн.
Імідж Дорошенка усілякими способами зіпсували. У листах до короля Польщі, Ханенко красномовним почерком написав про присягу Дорошенка перед султаном Магометом IV, але інший звинувачення відкидав. У 1670 році гетьман запорізького війська перебуває у тісних зв’язках з королем, започатковує дипломатію з московським царем. Надіявся на поміч в отриманні гетьманської булави.
Гетьман в першу чергу заключає догорів з коронним гетьманом Михайом Вишневецьким. Це відбулося вкінці літа, у 1670 році в місті Острог при зустрічі з польськими комісарами та спеціальним посольством, котре очолив Богаченко. Документом обмежувалося політичне, економічне, конфесійне право. Тому Ханенко настійливо добивається визнання від Речі Посполитої, намагаючись стримувати кримського хана від Польщі.
Річ Посполита яка нібито і допомагає Ханенку, а з іншої сторони – затіває гру з гетьманом, не визнаючи його правобережним. Король не бажав віддавати булаву через послів: Юогаченка, Пелеха, Білого, котрим козацьких клейнод із двадцятьма тисячами злотих було достатньо. Корсунська рада 1671 року протестувала проти Ханенка, запорозьких козаків, яких пов’язувала Острозька комісія. Козацька старшина Дорошенка не бажала, щоб Річ Посполита прийшла плюндрувати українську землю. В цей період розгортається справжня військова кампанія: війська коронного гетьмана Собєського підтримують Ханенка, а той вказує місця дислокації військ. Для удару з тилу необхідні польські війська. Собєський завойовує Правобережну Україну, Меджибож по Брацлав. Ханенком повідомлялося про табір Дорошенка, недалеко від міста Чигирин.
Сюди ж приєднується Іван Сірко, щоб дати гідну відсіч білгородським татарам, що в союзниках Дорошенка. Ханенко з Сірком розбивають кримські війська з їхнім ханом Селімом-Гіреєм – союзником Дорошенка. Із шести полками приєдналися такі як полковник Зеленський, Гоголь, Костянтин. Відбувся вступ військ Ханенка в Ямпіль, а звідти в Брацлав.
Восени 1671 року на Брацлавській військовій нараді вирішується низка стратегічних питань. Поволі об’єднані військові сили вирушили в Кальник. Ханенко не бажав неволі українського народу, сказав, що вклонятися в знак пошани будуть, цього достатньо. Поляки хитро захопили стратегічний центр Правобережжя – місто Брацлав. Кальник з наказним полковником Урбановичем оточили, оборонців ламали голодом.
Зимою 1671 року двадцять сім тисяч війська під командуванням Дорошенка направились на Ладижин (Вінничина). Гетьман Ханенко разом з козацьким військом зачинилися в замковій фортеці. Тоді Ханенко посилає послів в Люблінське воєводство з метою внесення на сеймі пропозицій щодо вільного сповідування православ’я як в Речі Посполитій так Литовському князівстві, щодо Київської Академії, українських шкіл, козацьких вольностей. Реалізуватися планам сесії сейму не вдалося через її розірвання. У 1672 році Ханенко відсилає посла з пропозицією Дорошенку прибути до річки Росави на Козацьку раду, проте той відмовився. На підмогу Дорошенку в Кам’янець вирушає султан Магомет ІV. Ханенко вважав найкращим способом – перехоплення військового загону. Під Четвертинівкою відбулася битва у ході якої виявилися максимальні втрати, Ханеку ледве вдалося відправитися в ладижинський замок. Чотиритижнева облога ладижинського замку нічого не дала Дорошенку з турецьким військом, тому й відступили. Ханенко тікає в білу Церкву, налаштовуючись на ще один бій.
Ханенко здійснює необдуманий хід з білоцерківським полком, намагаючись об’єднатися з Собєським, котрий вів битву на Галичині з турецько-татарськими військами. Отримана була перемога у Красноброді, Комарному та інших західноукраїнських містечках. У 1672 році турки штурмували Кам’янець, Дорошенку присягнули полкові міста.
Між Туреччиною та Річчю Посполитою укладено бучацький мирний договір. Михайло Ханенко та його війська необхідні були для того, щоб вчинити розправу з ворогом польського короля. Ханенко займається самостійною дипломатією, перешіптується з послом Протасовим за московську протекцію так як Польщею недооцінений. В тім московський цар мовчав.
Польським королем Вишневецьким видається дозвіл щодо повернення Ханенка з козацьким військом на Україну. Навесні 1673 року повертається на Волинь. Знову пише звернення до царя, отримав відповідь царського уряду: у разі обрання Ханенка гетьманом Правобережжя, і ті козаки, які були у підданстві короля і турків будуть з ним, якщо той простити буде «під високою рукою», то царем таке прохання буде схвалене.
Але як виявиться значно пізніше Польща і Москва розіграють розумний військовий сценарій. У битві під Печерським монастирем ханенко зазнає поразки, відправляється на Запорізьку Січ, правда тут його сприймають як якогось невдаху.
Гетьман лівобережжя Самойлович оповістив царя про повернення запорізьких послів з Варшави, котрим наданий дозвіл короля позбавити гетьманських атрибутів Ханенка. Півтисячна армія Ханенка підходить на допомогу гетьману Самойловичу і князю Ромадоновському проти військ Дорошенка. Навесні 1674 року в Лисянці, завдяки київському, канівському, лубенському, білоцерківському полку дві тисячі загону Григорія Дорошенка були розбиті.
У цьому ж році Переяславська козацька рада Правобережжя позбавила усіх атрибутів Ханенка, за козацькою традицію він попросив прощення у всіх, і новим гетьманом став Іван Самойлович. У Козельцях проводив останні роки свого життя. Написані у 1677 році листи королеві Яну ІІІ Собєському перехоплювалися Самойловичем. Ханенко зізнався у незаконному співробітництві з короною Речі Посполитої. У 1678 році засудженого Ханенка кидають у в’язницю в Батурині і він знаходиться під пильним наглядом командира стрільців Радишевського.
У 1680 році Михайло Ханенко помер.
Пегас
