Фонтана належав до кола архітекторів, що формувалися під впливом Джана Лоренцо Берніні. Він співпрацював з майстром у створенні церкви Санта-Марія-дей-Міраколі (1662–1679), а згодом отримав самостійні проекти, серед яких завершення будівництва Палаццо ді Монтечіторіо (1650–1694), початково призначеного для родини папи Інокентія X.
Архітектор прославився завдяки численним сакральним і світським спорудам: церква Сан-Б’яджо-ін-Кампітеллі (до 1665 р.), капела Джінетті в церкві Сан-Андреа-делла-Валле (1671), капела Чібо в Санта-Марія-дель-Пополо (1683–1687), фасад церкви Сан-Марчелло-аль-Корсо (1682–1683), капела Хрещення в соборі Святого Петра (1692–1698); бібліотека Казанатенсе (1708).
Цікавими є і гробниці, серед яких поховання королеви Христини Шведської (1702) та пап Інокентія XII і Климента XI в соборі Святого Петра. Його найбільшим ансамблем стала єзуїтська церква та коледж у Лойолі (1681–1738), що справила глибокий вплив на архітектуру Іспанії, Австрії та Південної Німеччини.
Архітектурна студія Фонтани була однією з найпродуктивніших у Римі кінця XVII — початку XVIII століття. Серед його учнів — німець Маттеус Данієль Поппельман, англієць Джеймс Гіббс, італієць Філіппо Юварра, а також австрійські архітектори Йоганн Лукас фон Гільдебрандт і Йоганн Бернгард Фішер фон Ерлах. Через їхню діяльність стиль Фонтани поширився по всій Європі, увібравши локальні традиції та трансформувавшись у нові художні форми.
Окрім того, Фонтана займався видавничою діяльністю. Його головною працею стала книга «Templum Vaticanum» (1694), присвячена собору Святого Петра. Видання з численними гравюрами мало велике значення для вивчення архітектури і водночас утвердило його авторитет як теоретика мистецтва. Після смерті архітектора двадцять сім томів його рукописів і малюнків увійшли до фондів Королівської бібліотеки у Віндзорі, що дозволило зберегти унікальну документацію його творчості.
Іван Гудзенко