Окрім державних справ імператору необхідно було з’ясувати основні причини релігійних. Христологічні питання постали як одні із найважливіших. Загострення христологічних дискусій у V столітті, розбирання питань Ефеським, Халкідонським соборами викликанні хвилюванням не лише тоді, а й зараз.
Місія покладалася на плечі візантійського імператора Юстиніана ІІ заради збереження правового і церковного порядку. VI століття ознаменувалося в історії християнства розумною державно-церковною політикою імператорської влади. Юстиніан найбільше прагнув миру в соціально-політичних і державно-церковних відносинах. Проте зроби те було доволі не просто. Юстиніан ІІ розпочинає з імператорського едикту, розісланого до східних і західних ієрархів церков.
Едикт був прийнятий лише представниками церков Сходу, а от Захід виявився більш обережнішим та консолідованим, тому супротив чинився зі сторони єпископів в Ілліріку, Італії, Африці. Юстиніан запрошує папу Вігілія в Константинополь. Але в Сицилії папу попередили аби той не приймав жодної участі і не йшов на поводку в осудженні «Трьох глав».
І що цікаво, влітку 550 року у присутності імператора, єпископа Феодора та патрикія, папа Вергілій заприсягнувся на Святім Євангелії та Цвяхах Чесного Господнього Хреста, що надалі прикладатиме максимум зусиль для осудження «Трьох глав», особисто інформувати Юстиніана, при умові охорони та захисту честі папи, його думки з дотриманням привілеїв Римської Церкви.
З 551 року – імператором демонструється трактат «Сповідання правої віри». Саме цей документ виявився важливим у соборному рішенні в Константинополі. Але з виданням документу різко загострилися відносини між папою, що змусило відсунути Константинопольський собор. Як державному керівнику, імператору стало набридати дії папи по відношенню до нього і процесу над скликанням учасників собору.
Ще до початку собору відбувся візит в базиліку святої Євфимії до папи Віргілія Мини, Феодора, Аскиди та відлучених ним єпископів. Подія сталася літом 552 року. Папа прибуває до імператора, примиряється з олександрійським патріархом Аполлінарієм. Після видавництва «Про праву віру» почалася підготовка до собору. У зв’язку зі смертю константинопольського патріарха Мини, якому не вдалося прийняти сакру імператора, справу продовжив Євтихій.
За погодженням з папою Вігілієм та імператором у Святій Софії 553 року собор розпочав свою діяльність. Собор проходив вісім діянь з остаточним богословським вердиктом. У його діяльності приймало участь сто п’ятдесят три особи, представлені Константинополем, Олександрією, Антіохією, Єрусалимом. Захід представляли єпископи східної частини Іллірика та Африки.
Собор очолював константинопольський патріарх Євтихій разом з Аполлінарієм Олександрійським, Домніном Феопольським, єгипетськими єпископами Стефаном, Георгієм та Даміаном. Імператор Юстиніан І не був присутнім у церковних справах, таке рішення було правильним з точки зору правителя держави, на відміну від присутності і втручання в хід соборного процесу попередніх трьох імператорів.
В зачитаному дияконом Стефаном «Визначенні» імператора Юстиніана нагадується, що імператори опікувалися тим, щоби викорінити єресі через скликані єпископами Собори з метою проголошення доктрини, для встановлення миру Святої Божої Церкви. Імператор також звертає особливу увагу на приклади його попередників – імператорів і законним утвердженням в захист собору і справедливе осудження відступників від істинного християнського віровчення.
На соборі зачитали послання патріарха Євтихія до папи Вігілія. Імператор підганяв, щоби таки собор розпочали, не чекаючи папу римського. З іншої сторони папа ставив такі вимоги з якими не всі погоджувалися. Не присутність папи ще більше заставляла учасників собору тільки здогадуватися хитрі замисли Заходу. Допоки Захід займався «грою», собор вирішував складні питання. На Сході з’являлися думки, що тут відбувається щось не те. По правді кажучи інтуїція східних ієрархів аж ніяк не підводила.
Учасниками собору притримувалися постанов чотирьох соборів, доктрини святих отців, таких як Афанасій Великий, Василій Великий, Григорій Богослов, Григорій Нісський, Амвросій Медіоланський, Іоанн Золотоуст, Кирило Олександрійський, Прокл Константинопольський, Лев Великий, блажений Августин, Іларій Піктавійський, Феофіл Олександрійський.
Коли розбиралося питання про «Три глави» папа був відсутній. Але імператор довго терпів витівки папи, і врешті діставши цінні папери висвітлив цікаві факти, і це дало можливість західним єпископам відкрити свої очі і побачити правду. Правда полягала у діях папи. Інший документ «Визначення», зачитаний на соборі стосувався папи Вігілія.
На восьмому засіданні собору оголошено догматичне рішення щодо «Трьох глав». Отцями в преамбулі враховані наступні моменти: причини соборного скликання, покрокові переконання папи Вігілія щодо приймання участі у подальшому процесі, необхідність осудження «Трьох глав», бо через них несторіани намагалися вводити єретичну науку в Церкву. Мова торкалася чотирнадцятьох анафем, що повторювали Юстиніанове «Сповідування правої віри».
В кінці папа Вігілій усвідомив допущені ним помилки, оскільки соборне рішення поставило його самого у важке становище. Зимою 553 року папа Вігілій надсилає послання до патріарха Євтихія, а 554 року – в «Constitutum II» — осуджує «Три глави», анулює тим самим рішення, приймаючи визначення ІІ Константинопольського собору як вірні. Основу постанов Собору 553 року склали судження імператора Юстиніана І не тільки «Трьох глав», а й вчення Орігена.
Собором піддані анафемі ті, які не визнають Єдиносущної Трійці, говорять про роздвоєння особистості між Ісусом і Христом; не визнають дві природи в Христі; дві волі в Ісусі; не визнають Приснодіви Марії Богородицею, називаючи, «чоловікородицею», «христородицею»; визнає два поклоніння: Богу Слову та особливе для людини; не сповідує розпяття заради спасіння Господа нашого Ісуса Христа; не піддає анафемі Арія, Євномія, Македонія, Аполлінарія, Несторія, Євтихія, Орігена з їхніми нечестивими творами та єретиків, яким було виголошено анафему кафоличною та апостольською Церквою і чотирма святими Вселенськими соборами; хто йде в захист Феодора Мопсуєтського, котрим стверджувалося що є Бог Слово та інший Христос; стає в захист творів Феодорита, направлені проти Ефеського Собору та святого Кирила з його 12 главами, написаних в захист Феодора та Несторія; захищає послання Іви Едеського до Марі Перса про заперечення Бога Слова втіленого від святої Богородиці і народження простої людини від Неї, названий храмом, розділеним як Бог Слово та інша людина; особливо таких, хто йде за вченням Орігена.
Останні дослідження підтверджують той факт, що орігенізм викликаний через Евагрія. Пізніше Оріген, Дідім, Евагрій будуть осуджені повторно на VII Вселенському Соборі.
Пегас